L'organisation et les modalités de soutenance de Doctorat sont élaborées par le conseil de CED conformément au Cahier des Normes Pédagogiques du Cycle de Doctorat. Les travaux du candidat sont soumis à l'appréciation de trois rapporteurs parmi les PES ou le PH désignés par la commission de thèse. Un rapporteur au moins doit être extérieur de l'Université d'inscription du candidat. L'autorisation de soutenance ne peut être accordée que si les trois rapports sont favorables. Le résumé des travaux du candidat est diffusé à l'échelle des établissements universitaires marocains vingt jours avant la soutenance. La soutenance des travaux de recherche est publique. Elle donne lieu à une mention déterminée parmi la série "Honorable ou " Très Honorable". Le jury peut donner aussi son avis sur la reproduction de document de thèse après la soutenance avant son dépôt final. Le diplôme de Doctorat est délivré au candidat après la soutenance sanctionnant aussi le cursus de son travail de recherche en lui attribuant le titre de Docteur.